保护区处于海洋，河流，陆地，岛屿的交汇地带，生物多样性极为复杂与独特，尽管滩涂植被比较简单，主要有芦苇，藨草和海三菱藨草组成，但由于生产量大，在滩涂淤积中起着举足轻重的作用，并为其他生物创造了良好的生存环境，同时养育着上海地区70％－80％的物种。目前，崇明东滩已记录到的鸟类有17目50科290种。列入《中国濒危动物红皮书》的鸟类20种；列入中日、中澳政府间候鸟及其栖息地保护协定的鸟类分别为156种和54种；超过世界种群数量1％的涉禽种类至少有12种。每年在崇明东滩过境中转和越冬的水鸟总量逾百万只，其中国家一级保护的鸟类有东方白鹳、黑鹳、白头鹤、白尾海雕4种；国家二级保护动物35种，如黑脸琵鹭，小天鹅，灰鹤，鸳鸯，小杓鹬，小青脚鹬等。在崇明东滩主要有四种类型的鸟群，它们分别是鸻鹬类，雁鸭类，鹤类群和鸥类群。
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